اهم مشکلات بخش کشاورزی شهرستان چادگان سال 99-98   1-  تبعیض و بی عدالتی در برخورداری بهره برداران این شهرستان از آب رودخانه زاینده رود نسبت به استان همجوار ، چنانچه مستحضرید ، طرح پمپاژ چنارود با هزینه ای بالغ بر 5 میلیارد تومان آماده افتتاح است ولی مجوز آب ندارد . وهمین طور طرحهای دیگرمانند طرح شرکت تعاونی بادامستان اوزن آخار. 2- اعتبارات ناچیز تملک دارایی بخش کشاورزی شهرستان نسبت به شهرستان های همجوار، امکان هر گونه حرکتی را از این بخش سلب نموده است .( اقدامات شاخص قابل اجرا : اجرای کشت های الگویی، امور ترویجی و تهیه نقشه های کاداستر اراضی کشاورزی). 3- با وجود خشکسالی های مکرر، نبود آب های سطحی ، پایین رفتن آب های عمقی وخشکی برخی از چاههای کشاورزی، هیچ گونه  تسهیلات  تجهیز چاه  و اعتبارات خشکسالی ، در حال حاضر وجود ندارد. کوچ نیروی موثر کار در بخش کشاورزی از منطقه بدلیل نابسامانی اقتصادی حوزه تولید کشاورزی ، در آمد پایین و خشکسالی های اخیر 4- با توجه به استعدادهای ذاتی منطقه ، وجود پتانسیل های بالقوه فراوان ، در زیر بخش های توسعه شیلات ، توسعه باغات ، تولید گیاهان بذری، تولیدات دامی ، صنایع تبدیلی و تکمیلی و... مع الوصف به خاطر مشکلاتی همچون بنیه مالی ضعیف بهره برداران ، نبود تسهیلات سرمایه ای کافی و مسایل بانکی موجود مثل عدم کفایت وثیقه های بانکی داخل شهرستان وبعضا عدم همکاری بانک ها ، سرمایه گذاری لازم در این بخش انجام نمی شود . 5- ضرر و زیان دامداران بدلیل کاهش بهای شیر تولید شده و افزایش بهای نهاده های دامی ، یکی دیگر از مشکلات می باشد. 6-  عدم برخورداری کشاورزان ، از بیمه تامین اجتماعی (بیمه کارفرمایی) . 7- کمبود انبارذخیره موقت غلات وعدم وجود انبارهای فنی مناسب محصولات کشاورزری در شهرستان 8- رکود بازار محصولات کشاورزی وکاهش نقدینگی کشاورزان و نبود اعتبارات وتسهیلات لازم مشکلات زیادی را به بار آورده است. افزایش بهای نهاده های کشاورزی و عدم ثبات قیمت محصولات کشاورزی . از آنجایی که عمده محصول این شهرستان سیب زمینی است ،هیجگونه تضمینی جهت خرید آن وجود ندارد واغلب این محصول پس از ماهها توقف در انبار از بین می رود و بهره کشاورز فقط هزینه های کشت آن است. 9-کاهش شدید اعتبارات در بخش ترویج ونبود  نگرش واقعی به این مسئله که  چنانچه بهره بردار اگاه نباشد تمام سرمایه گذاری زیر ساخت ها  نابود می شوند. همچنین ملی نبودن اعتبارات بخش ترویج  (در شهرستانها مسئولین بیشتر به عواملی که ملموس وقابل ارائه  اماری باشد توجه مینمایند تا اموزش) .